驱动中的中断问题

你好，希望赐教。
我的驱动程序是用DriveWorks开发的，硬件板卡的功能只有一些I/O读写和中断处理，我在驱动里对中断进行了处理和清中断，然后用Event事件触发通知上方应用程序，上面用Wait循环等待，可是现在出现上层响应时间不定，有时很慢，有时甚至会被随后的中断覆盖，请问这是怎么回事，不知道还有什么其他好办法。
谢谢！