求助PCI总线高速实时数据记录的问题

我用9054做了一块PCI接口卡，要实现以40M字节/s的速度，把外部数据通过PCI总线记录到SCSI硬盘上。

我使用的驱动用DDK写的，采用sglDMA传输。板子的工作原理是利用FIFO的半满标志产生本地中断，然后然后驱动程序通知应用程序，应用程序发起一次dma传输，传输完以后写到硬盘上，这样完成一次循环。

问题是在循环一定次数后（如一两千次），某一次响应时间会很慢（从逻辑分析仪上看），FIFO就被写满了，这样就会丢数据了，请问问题出在哪（方案设计还是驱动）？或者有什么好的解决办法没有？