请教U盘启动的问题

当主板以USB-ZIP方式启动时,也就是当U盘插入系统当启动盘的时候，最终会模拟出个盘符A:,用户就象用软盘一样使用这个U盘，而且容量就是U盘的容量。当用USB-HDD方式启动时，最终会出现盘符C:。
当我给U盘格式化成USB-ZIP格式的时候，发现用WinHex看U盘内容，扇区0还是有硬盘的MBR,而在扇区32则是分区的启动扇区。然后我把MBR清零，于是在windows下就会认为这个U盘没有分区格式化。但把这个U盘去启动系统，系统还是正常启动了，也就是说主板对这个U盘的操作完全按照软盘的那套做了，总是固定从扇区32开始读，而不去理会MBR。
而当我把U盘格式化成USB-HDD方式的时候（直接用windows格式化u盘也是这个效果），扇区0还是MBR,但分区的启动扇区则在扇区63，但这种方式的u盘始终无法启动系统（虽然已经在主板BIOS中设置成USB-HDD）.
那么请问主板又是为何把U盘模拟成这种软驱的方式，而不是模拟成硬盘的方式？我想主板应该是根据u盘上的某个标记来判断设置成硬盘方式还是软盘方式的，那么这个标记在U盘的什么地方，是一种硬件的标记（比如是个开关）还是软件的标记（比如U盘某个特定扇区的一个数值）？另外U盘有没有类似硬盘低级格式化一样的软件？谢谢