usb问题

我现在正在进行u盘的开发，用的是PDIUSBD2由于是新手，对需要开发的内容不是很了解，看了很多网文和书籍，我的体会是：
   1、开发d12固件程序：包括控制端点的程序，批量传输的程序，用的是UFI协议有的人说是SCSI-2协议，但我感觉UFI协议与SCSI-2协议在用12字节命令时是一致的，所以我觉得用哪个都可以，不知道对不对；
   2、nand-flash读写程序（我用的是K9F5608U0D）；
   3、文件系统的开发（FAT16系统），这是我很困惑的一点，文件系统是在PC端开发呢，还是在d12固件程序中开发；
   4、主机端程序开发，我通过查找网文知道：主机端程序开发包括：（1）、usb主控制器驱动程序；（2）、usb核心驱动程序；（3）、usb用户程序和类协议驱动程序。其中（1）我知道是由系统给出的，因为我是进行u盘的开发，使用的是大容量存储子类，这是微软操作系统完全支持的，是不是就不用开发这三部分驱动程序了。
   5、另外，文件系统的开发是怎么回事，是不是由操作系统自带，不用开发呢。还是在固件程序中和主机端都需要开发。

还请各位大虾解开我的迷惑，谢谢了