透明加密相关疑问

正在做基于进程的文件系统透明加密，就是根据进程来决定是否对新建或修改的文件进行加密，下面以txt文件为例子：
（平台为windos xp，驱动随机器启动）
只要是notepad进程创建，修改的文件都进行加密；是否存在这样的情况，当我修改系统配置文件时，文件过滤驱动会对系统配置文件进行加密，下次启动时，由于驱动还没加载，无法识别加密后的配置文件，导致操作系统无法启动。
无论是否存在该情况，都请详细说明一下，感激不尽。（另外，如果能导致操作系统无法启动，该如何去解决。）

哎，没有一个人给我讲讲