关于双通道数据传输问题

小弟现正开发一数据采集卡，要求可双路独立采集。板上用FPGA和双口RAM做了两个独立数据通道，缓冲区满时通过9504和PCI总线DMA到PC机主存并存盘，
问题是：我的PC采集程序如何将来自不同通道的数据区分来？
我的想法是，将不同的通道的RAM数据DMA到不同的PC机内存段
（可采集程序和DMA不知如何操作）
或者是产生多个中断号区分不同通道（不知是否可行）


各位大侠有什么高招，，指教一下，，，万分感谢！