用S5933设计PCI计数卡，能用两层板实现吗？

诸位大侠：
    我刚刚从事硬件开发，我的项目是设计一块PCI计数和I/O卡，并且还要有为将来的数据流应用预留的接口（AD采集在别的板上）。请问用S5933，两层板能行吗？用PLX9054呢？如果能行，有什么要特别注意的吗？ 谢谢

谢谢，我的设计基本完成了，我感兴趣的方向是：dsp，fpga，cpld，希望大家以后多交流。